Ο Α.Π.Ο. ΠΥΘΑΓΟΡΑΣ ΠΕΡΑΜΑΤΟΣ ιδρύθηκε τη δεκαετία του 1970, από μία παρέα Σαμιωτών, τον με επικεφαλής τον κύριο ΚΑΛΟΤΙΝΗ Γ. όπου στις 7 Νοεμβρίου 1970 κατέθεσαν τα επίσημα έγγραφα για τη δημιουργία της ομάδας στο Πρωτοδικείο Πειραιά. Τα επίσημα χρώματα της ομάδας είναι η ερυθρόλευκη ρίγα ενώ το μπλε και το μαύρο είναι τα δευτερεύοντα χρώματα.
Στη σύγχρονη ιστορία του έχει να δείξει σημαντικές στιγμές, καθώς την περίοδο 1998-1999 πανηγύρισε την άνοδο από την Γ’ Πειραιά στην Β’ Πειραιά, καθώς τερμάτισε στη 2η θέση εκείνη τη σεζόν, όπου παρέμεινε στην κατηγορία αυτή μέχρι το 2003.
Την περίοδο 2003-2004 η ομάδα πανηγύρισε τη σημαντικότερη στιγμή της καθώς ένα όνειρο έγινε πραγματικότητα, ανεβαίνοντας για πρώτη φορά στην Α’ Πειραιά όπου παρέμεινε και τη σεζόν 2004-2005/
Στη Β’ Πειραιά αγωνίστηκε την περίοδο 2005-2006 και παρέμεινε σε αυτήν έως τη σεζόν 2008-2009.
Τη χρονιά2010-2011 πραγματοποιεί μία καταπληκτική σεζόν, τερματίζοντας πρώτη στην κατηγορία της Γ’ Πειραιά με το ανεπανάληπτο ρεκόρ: 18 νίκες – 0 ήττες – 4 ισοπαλίες, επιστρέφοντας δυναμικά στην Β’ Πειραιά έως τη σεζόν 2014-2015.
Η ομάδα μας αγωνίζεται στην Γ’ Πειραιά από τη σεζόν 2021-2022. Αισιοδοξούμε να κάνει το come back και να επιστρέψει στην Β’ Πειραιά.
Τη σεζόν 2014-2015 η ΕΠΣ Πειραιά βράβευσε την ομάδα μας με τον έπαινο Fair play.
Στο μακρινό 1973-1974 η ομάδα μας είχε βραβευτεί με το κύπελλο του “Ευ Αγωνίζεσθαι”, καθώς σε όλη τη διάρκεια της σεζόν δεν δέχτηκε ούτε μία κόκκινη κάρτα, απόρροια της φιλοσοφίας και της ιδεολογίας μας ότι ο αθλητισμός πρώτα θρέφει το μυαλό και μετά το σώμα.
Ευ αγωνίζεσθαι – Ευγενής Άμιλλα